南方科大2013年自主招生目前已有约3000人网上报名，其中深圳考生100多人。深圳共有6所高中获得该校“校长实名推荐”资格，被推荐学生将享有直接进入复试，在同等条件下优先录取的资格。南科大提醒考生，自主能力测试定于3月24日举行，测试名单将于3月4日公布，寄送材料不全的学生请于3月3日前补交材料。
　　南科大今年自主招生网上报名时间为1月15日至2月5日。广东招生组负责人唐斌表示，目前网上报名工作正在顺利推进，广东省共有约300人报名，安徽、湖南等省份的报名也很踊跃。预计到2月5日前几天，报名将迎来高潮。在开放日现场，不少学生、家长表示因为放寒假，申请材料中所需的《学校推荐表》无法及时盖公章，唐斌表示，学生网上报名后，可先将其他材料寄送，补交材料可延至3月3日寄送至南科大招生办。能力测试将于3月24日在全国各相关城市同时进行，考生可自愿就近选择考点，南科大将于3月4日公布入围能力测试学生名单。4月8日左右，学生可上网查询能力测试考试成绩。
　　另外，作为今年该校自主招生一大亮点的“校长实名推荐”计划也有了实质性进展，目前，该校已与深圳中学、深圳实验学校、深圳外国语学校、深圳市高级中学、宝安中学、红岭中学6所知名高中达成合作协议，每位校长大约有1至3名不等的推荐名额，享有一定优先录取的资格。